Федор Матвеевич Апраксин родился в 1661 году. Он происходил из знатного боярского рода, был братом царицы Марфы, супруги царя Федора Алексеевича. С 1681 года состоял стольником при Федоре Алексеевиче, по кончине которого поступил в 1682 году в том же звании к юному царю Петру. Вместе с ним он участвовал в потешных военных играх в селе Преображенском. Юношеские забавы с молодым царем предопределили дальнейшую судьбу Федора Матвеевича.
В 1693 году Апраксин стал губернатором Архангельска - единственного в то время порта России, через который шла торговля с другими странами. На Соломбальской верфи Апраксин руководил постройкой первого торгового казенного корабля и снаряжением его для отправки с русскими товарами за границу.
В 1696 Федор Матвеевич принял участие во втором Азовском походе против турок. После взятия Азова встал вопрос о строительстве судов для азовской флотилии. 20 октября 1696 года боярская дума постановила: "Морским судам быть" - этот день принято считать днем рождения регулярного Русского военно-морского Флота.
Центром судостроения стала Воронежская верфь, руководить которой было поручено Апраксину. В первые годы нового, XVIII, века Федор Матвеевич является губернатором Азова, непосредственным начальником Азовского флота и основателем военной базы для русских судов - города Таганрога. А с 1700 года он возглавил приказ адмиралтейских дел, ведавший всеми вопросами судостроения и вооружения российских кораблей.
Апраксин следил за укреплением устья Таганрога и строительством новых верфей в Таврове и Новопавловске. В 1706 году, после смерти начальника приказа Военного Морского Флота Ф.Головина, Федор Матвеевич был назначен президентом Адмиралтейств и руководителем всеми военно-морскими делами.
В 1708 году становится генерал-адмиралом, и в том же году Петр назначил Апраксина командующим Балтийским флотом и русскими войсками в Ингерманландии. Ему удалось остановить наступление на Петербург 12-тысячного корпуса, под командованием шведского генерала Люберека, вынужденного посадить оставшиеся войска на суда и ретироваться. За успешную охрану Петербурга царь повелел выбить особую медаль с изображением: на одной стороне - портрета Федора Матвеевича и надписью: "Царского Величества адмирал Ф.М. Апраксин", а на другой - флота, построившегося в линию, с надписью: "Храня сие, не спит; лучше смерть, а не неверность".
В 1710 году Апраксин был пожалован в графы и действительные тайные советники. В этом же году он получил от царя задание возглавить поход 13-тысячного русского корпуса для взятия Выборга. Дождавшись 5-тысячного подкрепления, командующий повел энергичную подготовку к штурму, но комендант Выборга 12 июня предпочел капитулировать. Весь гарнизон крепости был пленен, русским досталось 5,5 тысяч ружей, все орудия и большие запасы пороха и снарядов. За взятие Выборга Апраксин был награжден орденом Св. Андрея Первозванного и получил золотую шпагу, украшенную бриллиантами.
Через год генерал-адмирал вновь возглавлял Азовский флот и сражался против турок. Но после неудачного Прутского похода Федору Матвеевичу пришлось, согласно положениям мирного договора, уничтожить свое собственное детище - корабли и крепости на Азовском море.
В 1713 году, действуя под непосредственным началом Петра и командуя галерным флотом, генерал-адмирал отбил у шведов города Борго и Гельсинфорс, лишив тем самым противника последней базы в Финском заливе. Затем, под Пелкеном, искусно применив высадку десанта, Федор Матвеевич, во главе сухопутного корпуса, нанес поражение войскам шведского главнокомандующего Армфельда.

 26 июля 1714 года, около мыса Гангут, Апраксин вместе с Петром атаковал эскадру шведского контр-адмирала Эреншильда, абордировал ее и взял в плен все 10 кораблей, вместе с командой.
В том же году впервые привлекался к следствию за растраты казенных средств. Как показало расследование, он был невиновен, но подвергся штрафу за злоупотребление подчиненных ему лиц.
После захвата Финляндии Федору Матвеевичу было поручено заниматься управлением краем. Живя в Петербурге, Апраксин заботился об укреплении Кронштадта, не раз водил русские корабли против шведов в Балтийское море. С 1718 года являлся президентом Адмиралтейств-коллегий - нового центрального органа управления морскими делами России.
Весной 1723 года Федор Матвеевич принял начальство над Балтийским флотом, состоявшим из 24 линейных кораблей и 5 фрегатов. В самом начале 1725 года Апраксин посетил уже смертельно больного Петра, и царь напутствовал его на проведение экспедиции к камчатским берегам. Экспедиция под руководством капитан-командора Беринга вскоре отправилась в путь.
В мае 1725 года, уже при Екатерине I, Федор Матвеевич был пожалован вновь учрежденным орденом Св. Александра Невского. По-прежнему командуя Балтийским флотом, в 1726 году прикрывал Ревель от англичан. В этом же году был назначен членом Верховного тайного совета. Он активно поддерживал А.Д. Меншикова, пользовавшегося при Екатерине I неограниченной властью. В 1727 году граф Апраксин отошел от государственных дел и переехал в Москву, где через год скончался в возрасте 67 лет. Апраксин был похоронен в московском Златоустовском монастыре.
Надпись над гробом гласила:
"1728 году, ноября 10 дня, преставился раб Божий генерал-адмирал, Государственного Верховного Тайного Совета министр, действительный статский советник, президент Государственной Адмиралтейской коллегии, генерал-губернатор княжества Эстляндского, кавалер обоих российских орденов, граф Федор Матвеевич Апраксин, а жития ему было 67 лет".